为进一步加强山西省高校重点学科建设，提升高校办学水平、学术地位和竞争实力，更好地为山西省转型跨越发展服务，根据《山西省中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020）》精神，2012年，山西省教育厅、财政厅围绕国家重点学科建设和山西省转型跨越发展需要，实施了优势重点学科和特色重点学科建设工作。经专家组认真审核评选，山西省有9个学科被确定为优势重点学科，29个学科被确定为特色重点学科。山西大学管理科学与工程学科进入了特色重点学科建设项目序列。
管理科学与工程（前身为系统工程）是山西大学创立较早的学科。1993年获得硕士学位授予权，1995年开始招收和培养硕士研究生；1998年全国研究生专业名称进行规范调整，学科名称由“系统工程”更名为“管理科学与工程”。2003年获得博士学位授予权，2004年开始招收和培养博士研究生。同年，本学科成为山西省重点学科。2009年本学科被批准设立博士后科研流动站。